A instituição não tem dinheiro para pagar as bolsas dos alunos de graduação, pagar as bolsas aos estudantes indígenas, empenhar qualquer material de consumo, pagar os serviços prestados por empresas, comprar rações para os animais, alimentos servidos no Restaurante Universitário, kits de reagentes para o Lepac (laboratório de Ensino e Pesquisa em Análises Clínicas) e insumos utilizados em outros laboratórios, e impossibilitada de fazer a manutenção de equipamentos, bem como adquirir novos equipamentos para desenvolver projetos internos, tanto de prestação de serviços ou de ensino.
Os recursos usados para estas despesas são oriundos da fonte 250, gerados pela própria universidade. Para o reitor Mauro Baesso, "é uma situação insustentável e pode levar ao fechamento da Universidade". A Reitoria vai agendar uma reunião com o governador Beto Richa para discutir o assunto.